Independentemente da polêmica em torno do ensino do criacionismo não só em aulas de religião, mas também nas de Ciências ou de Biologia, há o consenso de que as escolas confessionais desempenham um papel fundamental na educação brasileira. E isso não começou agora, mas em 1870, no bairro da Luz, em São Paulo, com a criação da primeira instituição de ensino protestante, a Escola América, por missionários presbiterianos. A instituição apresentava classes mistas com meninos e meninas e uma nova pedagogia, recebendo elogios do imperador D. Pedro II, que a visitou em 1876. A Escola América deu origem ao Sistema Educacional Mackenzie. Para o historiador José Carlos Barbosa, os protestantes foram os principais responsáveis pela inclusão da educação na agenda do país. E não podia ser diferente, já que para ser protestante era necessário ter um mínimo de escolaridade a fim de ler a Bíblia, observa. Barbosa lembra que, no Rio de Janeiro de 1837, os crentes metodistas criaram a primeira escola dominical do país, precursora de muitas outras experiências educacionais da denominação.
Além das classes mistas, as escolas confessionais foram responsáveis por trazer outras mudanças, como destaca o historiador: A primeira delas é referente à educação da mulher, que não tinha espaço na sociedade brasileira. A criação de um colégio para educar mulheres foi uma coisa escandalosa e ajudou a própria sociedade brasileira a refletir sobre a questão, explica, referindo-se à fundação do Colégio Piracicabano, no interior paulista, em 1881. Outra mudança implementada pelos educadores confessionais, segundo Barbosa, foi a introdução do Jardim de Infância. Parece uma coisa simples, mas as implicações foram muitas, já que a iniciativa mostrava uma maneira diferente de tratar as crianças.
Além das inovações específicas, as escolas protestantes foram inclusivas, pois além das mulheres, elas passaram a ensinar aos pobres. Além das escolas destinadas à educação dos filhos da elite brasileira, as denominações protestantes também organizaram milhares de escolas paroquiais para atender crianças oriundas de famílias carentes, lembra. Para o teólogo batista Israel Belo de Azevedo, doutor em filosofia e reitor do Seminário Batista do Sul do Brasil, no Rio de Janeiro, os colégios confessionais exerceram um importante papel na construção da cidadania de parte importante da população brasileira. Além disso, essas escolas eram um contraponto ao único ensino privado existente, de orientação católico-romana, lembra Israel, que também é pastor batista. Ele ressalta ainda o papel crucial das escolas confessionais evangélicas na popularização da prática de esportes no Brasil.
Com a proclamação da República, em 1889, e a consagração do Estado laico, aumentou o número de escolas confessionais no país. Hoje, segundo a Associação Brasileira de Instituições Educacionais Evangélicas (ABIEE), elas somam em torno de 900 unidades, oferecendo do maternal até o ensino superior. Para o reitor da Unasp, Euler Pereira Bahia, além de sua importância educacional, os colégios confessionais se destacam por sua abordagem: A virtude de uma escola confessional reside em sua visão abrangente do ser humano. É por isso que ela trabalha, além da dimensão intelectual, física e social do indivíduo, o desenvolvimento dos aspectos moral e espiritual. Isso se justifica porque é difícil desenvolver uma consciência de moralidade à parte da espiritualidade, opina.
Muitas personalidades brasileiras passaram pelos bancos de instituições confessionais. Autor de Casa-Grande & Senzala, o sociólogo pernambucano Gilberto Freyre, por exemplo, foi educado em um colégio batista. Da mesma forma, Ariano Suassuna, autor de O Auto da Compadecida, deu seus primeiros passos estudantis no Colégio Americano Batista. Artur da Távola, escritor, intelectual e político falecido em 2008, cursou o Colégio Batista Sheppard, no Rio de Janeiro. O ex-governador gaúcho e fluminense Leonel Brizola também estudou, na infância, em uma escola metodista.