Elas surgiram a partir do inconformismo do padre alemão Martinho Lutero (1483-1546) em aceitar algumas práticas da Igreja Católica. Lutero atacava duramente a venda de indulgências, ou seja, a obtenção de perdão para um determinado pecado em troca de dinheiro. No dia 31 de outubro de 1517, Lutero pregou na porta de uma igreja de Wittenberg, na Alemanha, um manifesto com 95 teses em que atacava não só a venda de indulgências, como também outros procedimentos da Igreja Católica, como a negociação de cargos eclesiásticos. O papa Leão X exigiu uma retratação do padre, ameaçando condená-lo por heresia. Mas Lutero não voltou atrás e rompeu com a Igreja Católica, dando início à chamada Reforma Protestante, movimento que se espalhou pela Europa, impulsionado pela maior flexibilidade religiosa que oferecia.
Os inimigos dos reformistas passaram a se referir a seus seguidores como "luteranos". Estes, por sua vez, preferiam ser chamados de "evangélicos", termo hoje muito usado para se referir aos fiéis das igrejas protestantes. A liberdade pregada por Lutero acabaria abrindo espaço para o surgimento de várias correntes religiosas. "O protestantismo tem uma pedra fundamental: a autonomia. A idéia de que só Deus salva, a subjetividade do indivíduo e a possibilidade de assumir e viver as diferenças vai gerar uma variedade enorme de igrejas", diz o cientista da religião João Décio Passos, da Pontifícia Universidade Católica de São Paulo (PUC-SP). Isso ajuda a entender por que hoje existem tantas ramificações entre os protestantes.