O missionário e antropólogo Ronaldo Lidório, que atua no evangelismo e em projetos sociais com indígenas no Amazonas, comenta que "as etnias ainda isoladas, com nenhum contato com o mundo externo, são poucas em todo o mundo, talvez um pouco mais de 120. Os números obviamente não são exatos, mas há entre 30 e 60 grupos nesta categoria na região amazônica. Alguns são grupos que se organizaram em um contexto de isolamento, porém são conhecidos por outras etnias e funcionários do governo. Outros são grupos ainda pouco conhecidos, com aparições pontuais".
Lidório ainda afirma que "não é raro andarmos pela Amazônia e ouvirmos os indígenas comentando sobre grupos desconhecidos com raras aparições. Estes, porém, normalmente se organizam em agrupamentos pequenos, em áreas remotas e fora do trânsito de outros grupos indígenas". Segundo dados da Funai, as etnias isoladas são protegidas do contato com não-índios. Isto dificulta uma atuação sistemática das missões junto a esses grupos.
A Funai atua com as etnias isoladas através de Frentes de Proteção Etno-Ambiental, que procuram conter invasões e, assim, manter a autonomia desses povos. Segundo artigo de Lidório, divulgado em seu site, a perda do espaço territorial é o principal fator de aculturação dos povos indígenas. Ele explica que a raiz do movimento missionário evangélico é preservacionista quanto à cultura, especialmente porque as missões cristãs defendem a permanência do índio em seu território. Lidório ainda argumenta que, assim como a terra, a possibilidade de escolha também é um direito do índio.
O coordenador do Movimento Sem Terra, João Pedro Stédile, também defende que os índios tenham voz. Em recente entrevista no Canal Livre, da Rede Bandeirantes, ele posicionou-se contrário à permanência na região amazônica de Organizações Não-Governamentais de capital estrangeiro. Sobre as ONGs religiosas, no entanto, ele primeiro declarou-se cristão e depois afirmou que os índios devem decidir se querem ou não o trabalho das entidades vinculadas à religião.